Proses pencernaan makanan pada manusia terjadi di luar sel, disebut pencernaan ekstrasekuler.

Sistem pencernaan manusia tersusun dari saluran pencernaan (mulut, faring, kerongkongan, lambung, usus halus, usus besar, dan anus) dan kelenjar pencernaan (hati dan pankreas).

1. Mulut 

Manusia memasukkan makanan ke dalam tubuh dengan cara ditelan, cara seperti itu disebut ingesti. Mulut dilengkapi dengan beberapa alat tubuh, yaitu lidah, gigi, dan kelenjar saliva (air liur). 

a. Lidah
Lidah berfungsi untuk:
• Membantu membolak-balikkan makanan
• Membantu mendorong makanan saat ditelan
• Sebagai alat pengecap atau perasa
• Merupakan alat indera yang sensitif terhadap suhu dingin / panas dan tekanan

b. Gigi
Gigi bayi pertama kali muncul sesudah berusia 6 bulan, disebut gigi susu yang berjumlah 20:
1.) 8 gigi seri (insisivus), untuk memotong makanan
2.) 4 gigi taring (caninus), untuk mencabik-cabik makanan
3.) 8 gigi geraham untuk mengunyak makanan

Pada anak usia 6-14 tahun, gigi susu akan tanggal dan diganti oleh gigi tetap yang berjumlah 32. Gigi tetap terdiri atas 8 gigi seri, 4 gigi taring, 8 gigi geraham depan (premolar), dan 12 gigi geraham belakang (molar).

c. Kelenjar Saliva
Saliva digunakan untuk memudahkan penelanan makanan, membantu mencerna makanan secara kimiawi karena mengandung enzim amilase (ptialin) dan lipase, serta melindungi selaput mulut terhadap suhu panas atau dingin dan kondisi asam dan basa.

Dalam rongga mulut manusia terdapat 3 pasang kelenjar saliva yaitu:
• Glandula Parotis = menghasilkan saliva atau ludah
• Glandula Sublingualis = menghasilkan air dan lendir
• Glandula Submandibularis = menghasilkan air dan lendi

2. Faring, Kerongkongan, dan Lambung
Faring dan kerongkongan (esofagus) merupakan saluran yang menghubungkan mulut dengan lambung.

a. Faring
Faring merupakan bagian yang pendek, tempat pertemuan jalur makanan dan udara. Pada saat makanan berada di dalam faring, langit-langit lunak berotot naik untuk mencegah makanan masuk ke dalam rongga hidung.

Pernapasan akan berhenti sementara. Laring naik dan epiglotis tertutup untuk mencegah makanan masuk ke dalam laring. Lidah mencegah makanan kembali ke dalam mulut. Kontraksi otot faring menggerakkan gumpalan makanan (bolus) ke dalam kerongkongan.

b. Kerongkongan
Kerongkongan merupakan sebuah tabung lurus, berotot, dan berdinding tebal. Bolus akan melalui kerongkongan menuju lambung yang disebabkan oleh gerak peristaltik dinding kerongkongan.

Gerak peristaltik adalah gerak bergelombang dari depan sampai belakang yang ditimbulkan oleh kontraksi dan relaksasi otot yang terjadi secara berurutan.

c. Lambung
Lambung (ventrikulus) terletak di bawah sekat rongga badan atau bagian atas rongga perut.

Lambung mempunyai beberapa fungsi utama yaitu :
• Menyimpan makanan
• Mengaduk makanan

Lambung terdiri atas 3 bagian. Makanan pertama kali masuk melalui lambung melalui kardiak. Kemudian makanan menuju fundus dan pilorus. Pilorus berdekatan dengan otot pengunci yang berguna mengatur penyaluran makanan ke usus.

Dalam dinding lambung terdapat kelenjar lambung yang menghasilkan lendir, getah lambung, dan hormon gastrin.

1.) Lendir Lambung
Dihasilkan oleh sel penghasil lendir

2.) Getah Lambung
Di dalamnya terdapat bahan-bahan, sbb.:

• Asam Klorida (HCl), merupakan cairang yang dihasilkan oleh sel parietal. Cairan tsb berfungsi untuk membunuh kuman, membuat lingkungan lambung menjadi asam, merangsang sekresi getah usus, dan mengaktifkan pepsinogen menjadi pepsin.
• Pepsin, yaitu enzim protease yang memecah protein menjadi pepton.
• Renin, yaitu enzim yang berguna dalam penggumpalan protein susu (kasein). Renin biasanya dimiliki oleh mamalia berusia muda.
• Lipase, yaitu enzim yang memecah lemak menjadi asam lemak dan gliserol. Enzim tsb tidak dihasilkan oleh lambung tetapi oleh kelenjar saliva yang terakumulasi di dalam lambung.

3.) Hormon Gastrin
Merupakan hormon yang merangsang lambung untuk menyekresi getah lambung.

3. Hati dan Pankreas
Hati dan pankreas merupakan hasil pertumbuhan bagian depan usus yang berkelenjar. Hati merupakan kelenjar pencernaan yang terbesar, bobotnya dapat mencapai 2 kg. fungsinya adalah:
• Mengasilkan empedu (bilus)
• Tempat penimbunan zat-zat makanan dari darah berupa glikogen
• Menyerap unsur besi dari darah yang telah rusak
• Tempat penyimpanan darah
• Tempat pembentukan fibrinogen dan heparin
• Mengubah provitamin A (karoten) menjadi vit. A dan provitamin D (ergosterol)
• Detoksifikasi (menawarkan sifat racun) obat dan minuman alkohol
• Tempat penghancuran sel darah merah

Empedu disimpan dalam kantong empedu sebelum masuk ke usus. Empedu bersifat basa sehingga menetralkan zat makanan bersifat asam yang keluar dari lambung serta membuat pH yang baik untuk kerja enzim pankreas dan enzim usus. Empedu juga mengandung garam empedu yang membantu proses hidrolisis lemak di usus.

Pankreas berfungsi sebagai kelenjar eksokrin, kelenjar endokrin, dan menghasilkan enzim. Peran pankreas sebagai kelenjar eksokrin adalah menghasilkan getah pankreas yang mengandung berbagai zat, yaitu:

 
a. Natrium Bikarbonat (NaHCO3)
Bermanfaat untuk menetralkan keasaman isi usus dan menaikkan pH-nya menjadi sekitar 8.

b. Amilase pankreas (disakarase)
Yaitu enzim yang berperan untuk memecah pati menjadi campuran maltosa dan glukosa.

Beberapa jenis amilase pankreas antara lain:
1.) Maltase, berfungsi memecah maltosa menjadi 2 molekul glukosa.
2.) Sukrase, berfungsi memecah sukrosa menjadi fruktosa dan glukosa.
3.) Laktase, berfungsi memecah laktosa menjadi glukosa dan galaktosa.

 
c. Lipase pankreas (steapsin)
Yaitu enzim yang menghidrolisis lemak menjadi campuran asam lemak dan monogliserida.

d. Protease (peptidase)
Yaitu enzim pemecah protein. Getah pankreas mengandung 3 jenis protease, yaitu tripsinogen, kimotripsinogen, dan karboksipeptidase.

e. Nuklease
Yaitu enzim yang menghidrolisis asam nukleat (ARN dan ADN) menjadi komponen nukleotida.

4. Usus (Intestinum) dan Anus
Usus adalah saluran tempat mencerna makanan, absorpsi zat makanan, serta tempat fermentasi dan pembusukan ampas makanan oleh bakteri.

Manusia mempunyai 2 macam usus, yaitu usus halus (insentium tenue) dan usus besar (insentium crassum).

a. Usus Halus
Usus halus mempunyai panjang ±8,5 m. Pada dindingnya terdapat banyak kelenjar yang menghasilkan getah usus, disebut kelenjar Lieberkuhn.

Usus halus terdiri atas 3 bagian, yaitu: 

 
• Duodenum (usus 12 jari)
Bagian depan usus halus dengan panjang kira-kira 25 cm, berbentuk U, dan menjadi muara saluran empedu serta pankreas.

• Jejenum (usus kosong)
Bagian kedua usus halus dengan panjang kira-kira 7 m.

• Ileum (usus penyerapan)
Bagian terakhir usus halus dengan panjang kira-kira 1 m.

b. Usus Besar (Kolon) dan Anus
Kolon manusia terbagi menjadi 3 bagian, yaitu bagian yang naik (asenden), melintang (trasenden), dan turun (desenden).

Saluran kolon berakhir pada suatu ruang yang disebut rektum. Rektum bermuara di permukaan tubuh dalam ruang yang disebut anus. Dalam rektum terdapat otot yang berfungsi untuk menahan turunnya feses ke anus, disebut katup Houston.

Antara usus halus dan usus besar dipisahkan oleh klep yang disebut ileosekum yang berguna untuk mencegah makanan agar tidak kembali ke usus halus.

Pada ujung ileosekum terdapat apendiks (umbai cacing; usus buntu). Kolon menyerap kembali air dan garam yang berasal dari zat-zat buangan dari usus halus.

Usus besar mengandung popolasi bakteri. Hasil fermentasi berupa asam organik, gas metan, dan hidrogen. Sisa proses pencernaan dibuang melalui anus.